El proceso de renovación desarrollado entre los años 2005 y 2007, estableció las necesidades de intervención en la infraestructura del Jardín, indicando qué estructuras deben ser renovadas, demolidas o construidas. Como consecuencia de la crisis económica que la institución vivió antes de esas fechas, sus edificaciones se encontraban seriamente deterioradas, algunas de ellas inclusive amenazaban ruina, poniendo en peligro el bienestar de las personas que permanecían en el Jardín. Para el cumplimiento de las actividades cotidianas del Jardín, algunas construcciones resultaban inapropiadas, pues a pesar de ocupar una huella suficiente en el terreno, su diseño dificultaba la eficiencia en la operación. Algunas dependencias del Jardín debían cruzar hasta 100 metros a la intemperie para hacer una llamada de larga distancia, por ejemplo.

Se definieron entonces los principios que regirían la renovación arquitectónica y urbanística del Jardín, los presupuestos y cronogramas de las obras a realizar, lo mismo que los arquitectos que se encargarían de los diseños, según su especialidad. Un equipo de base, dirigido por el Arquitecto Nicolás Hermelin y el Ingeniero Civil Juan Diego Mesa, se encargó de coordinar la totalidad de las obras, excepto las relacionadas con el espacio público.

Además de las edificaciones, se llevó a cabo la actualización y mejoramiento de las redes eléctrica, hidrosanitaria, de voz y datos, el sistema de senderos, el amoblamiento, el pozo de aguas subterráneas y otros elementos complementarios, que no habían sido intervenidos desde la fundación del Jardín Botánico.